Os frades franciscanos têm uma presença centenária em Taubaté, desde o século XVII, quando a vila convidou religiosos para erguer um convento sob o nome de Santa Clara. Segundo Frei Apolinário da Conceição, no auge, chegavam a viver no convento até 16 religiosos que se ocupavam ativamente com a catequese, a educação dos meninos e a confissão dos fiéis, inclusive de povos indígenas. A igreja do convento era modesta, com três altares, sendo o altar-mor dedicado a Santa Clara, ladeado por imagens de São Francisco e São Domingos. 

Quando os capuchinhos da província de Trento chegaram a Taubaté, em 1892, eles assumiram o Convento de Santa Clara e intensificaram a missão educativa. No ano seguinte, criaram um externato chamado Sagrado Coração de Maria para meninos pobres, onde os professores capuchinhos davam aulas gratuitas e até distribuíam livros e roupas para os alunos mais vulneráveis. A estrutura escolar cresceu rapidamente — foram criadas diferentes seções (alfabetização, progressiva e complementar), e matérias como português, matemática, contabilidade e história natural passaram a integrar o currículo.

Além da educação, os frades mantiveram uma forte participação na vida religiosa e social da cidade: fundaram o Colégio Seráfico, anexo ao Convento, e formaram diversos sacerdotes capuchinhos brasileiros. Também atuaram no Seminário Diocesano de Taubaté, ajudando a mantê-lo nos primeiros anos, sobretudo quando os recursos eram escassos. Essa trajetória educativa e missionária reforça o papel simbólico e concreto dos franciscanos no desenvolvimento espiritual e humano de Taubaté ao longo dos séculos.