A Igreja Matriz homenageia São Francisco das Chagas, padroeiro de Taubaté, e se apresenta como um dos marcos mais significativos da cidade, ocupando o centro do antigo núcleo urbano formado no período colonial. Sua primeira versão foi construída por Jacques Félix em taipa de pilão, com dimensões muito menores que as atuais e sua construção era um dos requisitos para a fundação da vila. Estudos indicam que a área original correspondia ao espaço onde hoje se encontra a Capela do Santíssimo Sacramento, revelando que o templo passou por uma série de ampliações e modificações ao longo dos séculos.

As Atas da Câmara registram que a igreja levou muito tempo para ser concluída. Na década de 1780, ainda estava em obras; em 1792, a situação era tão crítica que uma carta foi enviada à Rainha D. Maria I pedindo recursos para sua finalização. Mesmo em 1827, o templo não estava totalmente pronto. Em 1846, foi determinada a construção da torre, e reformas importantes ocorreram entre 1883 e 1888, incluindo o acabamento externo e a execução do assoalho. O relógio, que ainda marca a paisagem do centro, foi instalado em 1890. Outras intervenções na igreja histórica ocorreram no século XX.

Elevada à categoria de Catedral em 1909, tornou-se sede da Diocese de Taubaté. Após a morte de seu primeiro bispo, Dom Epaminondas, em 1935, a praça em frente ao templo passou a levar seu nome. Hoje, a Catedral permanece como um dos principais símbolos religiosos e históricos da cidade, reunindo fé, memória e vida comunitária.